Родился 21 марта 1935 года в Москве, в семье служащих.

Дед, Александр Иванович, известный ярославский купец. Отец, Варфоломей Александрович (1904–1984), преподаватель Гнесинского музыкального училища при Московской консерватории, автор учебника «Элементарная теория музыки». За составление учебника церковного пения для духовных школ награждён орденом святого князя Владимира II степени. Мать, Александра Фёдоровна Вахромеева (1903–1981) и старшая сестра, Ольга Варфоломеевна Вахромеева (1925–1997), также были педагогами московских музыкальных школ.

Осенью 1953 года Кирилл Вахромеев окончил среднюю школу № 557 и параллельно музыкальную школу Бауманского района города Москвы по классу хорового пения и контрабаса.

В 1953 году, после окончания школы, поступил в Московскую духовную семинарию. На втором году обучения в семинарии начал церковное служение в числе иподиаконов Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия.

В 1957 году завершил курс обучения в семинарии и поступил в Московскую духовную академию. Будучи на втором курсе академии, решил принять монашество, чтобы всецело посвятить себя служению Церкви Христовой.

В апреле 1959 года принял монашеский постриг под именем Филарет в честь святого праведного Филарета Милостивого, был рукоположен в сан иеродиакона.

В 1961 году окончил полный курс Московской духовной академии со степенью кандидата богословия за сочинение «Пастырское душепопечительство Филарета, митрополита Московского, по его письмам».

После окончания Московской духовной академии решением Ученого Совета Академии иеродиакон Филарет был оставлен при Академии в качестве профессорского стипендиата с поручением чтения лекций.

В декабре 1961 года был рукоположен в сан иеромонаха, в августе 1963 года – в сан игумена, в октябре того же года – в сан архимандрита.

В сентябре 1963 года был назначен заведующим аспирантурой при Московской духовной академии.

В октябре 1965 года решением Патриарха всея Руси Алексия и Священного Синода РПЦ был назначен епископом Тихвинским, викарием Ленинградской епархии.

В период с 1961 по 1965 год занимал должность секретаря Комиссии по христианскому единству.

14 мая 1966 года Филарет был назначен епископом Дмитровским, викарием Московской епархии и ректором Московской духовной академии.

28 ноября 1968 года был назначен вторым заместителем председателя Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата.

9 сентября 1970 года Филарет был возведен в сан архиепископа. Ему было поручено временное управление Калининской епархией.

19 октября того же года был освобожден от должности заместителя председателя Отдела внешних Церковных сношений Московского Патриархата, согласно его прошению.

25 августа 1972 года был освобожден от временного управления Калининской епархией.

18 апреля 1973 года – назначен архиепископом Берлинским и Среднеевропйским, Патриаршим Экзархом Средней Европы.

15 апреля 1975 года Филарет был возведен в сан митрополита.

29 сентября 1978 года был назначен митрополитом Минским и Белорусским; с 12 октября – Патриаршим Экзархом Западной Европы.

С апреля 1981 года – председатель Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата (ОВЦС МП), постоянный член Священного Синода Русской Православной Церкви.

16 октября 1989 года в связи с образованием Белорусского Экзархата Московского Патриархата митрополит Минский и Гродненский Филарет был назначен Патриаршим Экзархом всея Беларуси.

В связи с расширением деятельности Белорусского Экзархата митрополит Филарет подал прошение об освобождении его от должности председателя ОВЦС МП, которое и было удовлетворено 13 ноября 1989 года с оставлением его Постоянным членом Священного Синода.

29 декабря 1989 года Священный Синод благословил митрополиту Филарету дать согласие баллотироваться кандидатом в народные депутаты Верховного Совета БССР. 17 марта 1990 года состоялось избрание митрополита народным депутатом Республики Беларусь.

C 28 февраля 2008 года Патриарший Экзарх являлся управляющим Могилевской епархией.

С 18 февраля 1992 года владыка Филарет носил титул: «Митрополит Минский и Слуцкий, Патриарший Экзарх всея Беларуси, Свято-Успенской Жировицкой обители священноархимандрит».

С самого начала своего служения в Беларуси Митрополит Филарет регулярно посещал Гродненскую область и город Гродно, совершал здесь богослужения, общался с паствой, проводил встречи с представителями региональных и местных властей, научной и творческой интеллигенцией.

Митрополит Филарет спас от закрытия одну из главных достопримечательностей Гродненской области – Успенский Жировичский монастырь.

В 1989–1992 годах владыка Филарет был Митрополитом Минским и Гродненским. В этот период Гродно являлся вторым кафедральным городом, второй «столицей» той территории, которой руководил Патриарший Экзарх всея Беларуси, символически повышавший престиж древнего города над Неманом.

Митрополит Филарет внес большой личный вклад в развитие межхристианского диалога на Гродненщине. В 1991 году во время своего визита в Щучин владыка встретился с недавно рукоположенным римско- католическим Гродненским епископом Александром Кашкевичем, чтобы засвидетельствовать свою готовность к общению и сотрудничеству ради мира и согласия в регионе.

Годом позже владыка Филарет инициировал возрождение самостоятельной Гродненской епархии, руководителем которой был назначен архиепископ Валентин (Мищук). После перевода владыки Валентина на новое место служения Митрополит Филарет временно (с 1994 по 1996 год) руководил Гродненской епархией лично.

По благословению митрополита Филарета в 1992 году возобновилась монашеская жизнь в Рождество-Богородичном женском монастыре в Гродно, который через 10 лет стал ставропигиальным, то есть находящимся в непосредственном ведении Патриаршего Экзарха.

Митрополит Филарет не раз совершал богослужения в Покровском кафедральном соборе Гродно, часто бывал в Борисоглебском Коложском храме, внимательно вникал в дискуссии о перспективах реставрации национальной святыни.

В 1984 году владыка Филарет инициировал установление общецерковного празднования в честь Собора Белорусских святых. Он очень искренне относился к почитанию подвижников Белой Руси и настоял на том, чтобы именно собору Белорусских святых был посвящен храм в гродненском микрорайоне Вишневец. В 2011 году он сам возглавил освящение этого храма. Как инициатор прославления новомучеников и исповедников белорусских (1999 г.) Патриарший Экзарх придал имя этих святых ХХ века храму в Скиделе, который сейчас является центром Гродненского районного церковного округа.

В эпоху Митрополита Филарета количество православных епархий на территории Беларуси выросло с 1 до 11 (сейчас их 15), количество православных приходов по стране увеличилось с 430 до 1600, были открыты 24 женских и 10 мужских монастырей. Владыка благословил работу над переводом Священного Писания на современный литературный белорусский язык, восстановление креста преподобной Евфросинии Полоцкой, факсимильное издание Слуцкого Евангелия (оригинал памятника – XVI в.).

Он имел почетные степени: Митрополит Филарет был избран почетным доктором Гродненского государственного медицинского университета и почетным профессором Гродненского государственного университета имени Янки Купалы. Архипастырь был обладателем 12 почетных научных степеней, в числе которых звания почетного доктора высших учебных заведений Парижа (Франция), Нью-Йорка (США), Варшавы (Польша), Праги (Чехия), Братиславы (Словакия) и так далее.

Подвижническая просветительская деятельность митрополита Филарета была отмечена высокими государственными наградами: Герой Беларуси (2006), награждён орденами: Отечества III степени (1998), Франциска Скорины (2003), Дружбы народов (2005), Почёта (2008), российским орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, многочисленными наградами Православной Церкви.

Умер 12 января 2021 года. Похоронен в Жировичском мужском монастыре, рядом с могилой старца Митрофана.

Именем митрополита Филарета в Гродно названа улица (2021).

Гимназии № 10 города Гродно присвоено имя Митрополита Филарета (Вахромеева) 12 сентября 2022 года решением Гродненского городского исполнительного комитета № 661 «О переименовании государственных учреждений образования».

Первый глава Белорусской православной церкви показан в полный рост, в левой руке он держит посох, правая рука поднята для благословения верующих. Высота бронзовой скульптуры – около четырех метров (3 м 90 см), вместе с постаментом – 4, 6 метра. Памятник изготовлен на скульптурном комбинате Белорусского союза художников. Автор скульптуры – Павел Иванович Лук. Задумка показать в скульптуре именно такой образ Владыки Филарета принадлежала архиепископу Гродненской епархии Антонию. Текст на постаменте на белорусском языке: «Мітрапаліт Філарэт 1935–2021».

За 35-летний период пребывания во главе Белорусского экзархата митрополита Филарета были возрождены исторические и учреждены новые православные епархии. Открыты 24 женских и 10 мужских монастырей. В несколько раз увеличилось число православных приходов, построены сотни новых и восстановлены многие разрушенные храмы и церковные здания. За многолетний личный вклад в духовное возрождение белорусского народа, укрепление дружбы и братских связей между народами, развитие межконфессионального диалога он был удостоен звания «Герой Беларуси».

Митрополит Филарет благословил труды по переводу Священного Писания на современный белорусский язык. Благодаря Владыке был воссоздан Крест преподобной Евфросинии Полоцкой, увидело свет факсимильное издание рукописного Слуцкого Евангелия, памятника XVI века.

Владыка часто посещал Гродненскую область, совершал богослужения, общался с прихожанами, проводил встречи с представителями власти и других традиционных конфессий, научной и творческой интеллигенцией. Благодаря своему высокому авторитету за пределами Беларуси он спас от закрытия одну из главных святынь гродненского региона Свято-Успенский Жировичский мужской монастырь.

С 1989 по 1992 год носил титул Митрополит Минский и Гродненский, Патриарший экзарх всея Беларуси. В этот период Гродно являлся второй духовной столицей. Владыка Филарет инициировал возрождение самостоятельной Гродненской епархии Белорусской Православной Церкви. По его благословению возобновилась иноческая жизнь в Свято-Рождество- Богородичном ставропигиальном женском монастыре.

Владыка Филарет стал первым, кто заключил соглашение о взаимодействии между Министерством образования и Белорусской Православной Церковью. Сегодня в каждом учреждении образования Республики Беларусь проводятся факультативы духовной направленности. Детей учат нравственности, прививают им духовные ценности.