Родился 30 декабря 1860 года в деревне Кубилеляй, ныне Шакяйский район Республики Литва.

Учился в гимназии в Мариямполе и в Московском университете, где окончил отделение классической филологии (1885).

Интерес к литовскому языку пробудился под влиянием Ф.Ф. Фортунатова и Ф. Е. Корша.

Преподавал греческий и латинский языки в Митаве (ныне Елгава, город в Латвии), Ревеле (ныне Таллин, столица Эстонии), Поневеже (ныне Паневежис, Литва. 1906–1908), Бресте (1908–1912), Гродно (1912–1914).

За причастность к литовскому национально-патриотическому движению высылался в 1902 году в Псков.

В 1904–1905 годах работал в редакции литовской газеты «Вильняус жиниос» («Vilniaus zinios»), затем в редакции газеты «Летувос укининкас».

В начале Первой мировой войны вместе со школой был эвакуирован в Велиж. В 1915–1918 годах преподавал в гимназии в Воронеже.

С 1919 года жил в Каунасе. В 1922–1926 годах преподавал в Каунасском Литовском университете (с 1930 года – Университет Витаутаса Великого). В газетах и журналах «Аушра», «Варпас», «Летувос жинёс», «Вайрас» и других публиковал статьи по вопросам языка и культуры литовской речи, на темы общественной жизни и литературы, также рецензии книг.

Издал «Грамматику литовского языка» («Lietuviškos kalbos gramatika», 1901; под псевдонимом Пятрас Кряушайтис; «Lietuvių kalbos gramatika», 1919, дополненное издание 1922), «Синтаксис литовского языка» («Lietuvių kalbos sintaksė», 1911), «Учебник литовского языка» ( «Lietuvių kalbos vadovėlis», 1925) и другие труды и пособия по литовскому языку.

Разрабатывал нормы литовского литературного языка, сыграв важную роль в его формировании и в переходе к нему от диалектных форм литовской литературы. Редактировал произведения писательниц Юлии Жемайте, Габриэле Пяткявичайте-Бите, писателя Йонаса Билюнаса, придав им канонический вид. Переводил (отчасти вместе с учениками) научно-популярную и просветительскую литературу, художественные произведения. Среди них басни И. А. Крылова, «Кентервильское привидение» Оскара Уайльда. Пользовался псевдонимом Rygiškių Jonas.

Умер 23 февраля 1930 года в возрасте 69 лет. Похоронен на Пятрашюнском кладбище в Каунасе.

Его портрет был изображен на банкноте 5 литов, изъятой из обращения и замененной монетами. В городе Мариямполе установлен памятник Яблонскису Йонасу.

Мемориальная доска Яблонскису Йонасу, который жил и работал в Гродно в 1912–1914 годах, установлена (2014 г.) на торце здания бывшей мужской гимназии (улица Советская, 6), где сто лет назад он преподавал классические языки: латинский и греческий. Доску с надписями на белорусском и литовском языках создал известный скульптор Леонас Пиворюнас. Текст на доске: «Ёнас Яблонскіс 1860–1930 вялікі літоўскі мовазнаўца, тэкстолаг, перакладчык, педагог, укладальнік першай літоўскай граматыкі, 1912–1914 гг. выкладаў у Гродзенскай мужчынскай гімназіі лацінскую і грэцкую мовы».